(一)外植體自身帶菌

　　許多植物都是栽培在室外，而空氣環境中有大量微生物存在，這些微生物可通過植物自然的孔口或傷口進入植物內部，也有一些兼性腐生菌，可由外植體或通過相應的侵入機制侵入植株內部，如果在接種操作前對這些認識不足，對外植體消毒不嚴，就很容易發生污染現象。

　　(二)培養基或接種工具滅菌不徹底

　　在對培養基滅菌過程中，如果滅菌時間過短、滅菌時溫度達不到要求、滅菌鍋壓力記數不準等因素都有可能導致培養基滅菌不徹底，使一些病原微生物殘留在培養基中，一旦接種后就會造成污染。使用滅菌不徹底的接種工具，滅過菌的接種工具存放時間過長，都會導致在生產中造成污染，所以生產中要做好培養基和接種工具的滅菌和消毒工作。

　　(三)接種室消毒不嚴

　　在組培生產過程中，除了植物本身外，大部分污染來源便是來自接種操作室。因為在接種操作室中，未過濾的空氣中含有大量的微生物，這些微生物可隨著操作人員或植株接觸時而發生污染，所以接種室消毒不嚴，也易引發污染發生。

　　(四)人員因素

　　在整個操作室內，人員是最大的帶菌者，其不管在毛發或是衣服等，都隱藏著數不清的微生物。這些微生物的存在都可能造成一定的危害。為此在進入操作室前，接種人員的工作服、鞋帽都必須進行消毒處理，進入接種室必須換上消毒過的鞋帽，接種前，接種人員必須認真洗手，還要用70%的乙醇棉球擦拭雙手，這樣在一定程度上可減輕污染的危害。

　　(五)超凈工作臺上的濾網過濾不徹底

　　超凈工作臺使用過久，或保養不當，而造成濾網壞掉或灰塵過多，導致在接種操作時對空氣過濾不徹底，也易產生污染。

　　(六)栽培過程污染

　　在栽培室，組培瓶外和外界氣體交換時，亦會有一些微生物進入。污染幾率取決于空氣中帶菌密度與組培瓶空氣交換率。

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